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El manga de Sailor Moon dista mucho de su versión animada, ya que cuenta la historia desde un punto de vista más maduro y explícito. Los personajes, incluyendo la heroína principal, maduran rápidamente y tienen el cáracter de un adulto en todas las series y hay momento más oscuros y fuertes. Además el manga no es tan repetitivo como el anime, esto es por que el anime salía al aire casi al mismo tiempo que el manga era publicado, y sin todas esas escenas de relleno, el anime (que era semanal) se hubiera tenido que adelantar al manga (que era mensual), y hubiera podido causar que el manga se dejara de vender.

A continuación, una lista con las diferencias por sus temporadas:

• Sailor Moon (Tomo 1 a principios del 4).

1. Las malignas no existen, los siete demonios y los cristales arcoiris tampoco.Los generales del negaverso enfrentan a las sailors directamente.
2. Las sailors aparecen más rápido.
3. Zoicite y Malachite no son pareja, lo mismo con Mamoru y Rei.
4. Tanto Mamoru como Usagi sospechan de sus identidades al conocerse.
5. Sailor Venus finge ser la Princesa de la Luna, para proteger a Usagi mientras recuerda quién es.Es ella quién mata a la Reina Beryl.
6. En el Milenio de Plata, la Princesa Serenity se suicidó cuando la Reina Beryl mató a Endimión. Ya en el presente, cuando Tuxedo Mask es controlado por Beryl, Sailor Moon lo mata y después se suicida.
7. Los Cuatros Generales del Negaverso, era los Cuatro Generales comandados por el Príncipe Endimión. Al morir, se convirtieron en sus consejeros y aparecen varias veces durante la serie.
8. Las Sailor Senshi sacrifican sus poderes para vencer a la Reina Metallia, lo que permite a Sailor Moon revivir, y con ayuda de Tuxedo Mask, animado a su vez por los espíritus de sus generales, libres del influjo de Metallia, y el Cristal de Plata, derrota definitivamente a la Reina Metallia y al Reino Oscuro.

• Sailor Moon R (Tomo 4 al 7).

1. Alan y Ann no aparecen, ya que TOEI los creó para permitirle al manga adelantarse.
2. Motoki (Andrew) descubre la identidad de las Sailor Senshi, y guarda el secreto.
3. Las pesadillas que le manda el Rey Endimión a Mamoru no existen. Por lo tanto, Mamoru nunca rompió con Usagi.
4. Sailor Mercury, Sailor Mars y Sailor Jupiter son secuestradas por las hermanas de la persecución (quiénes no se vuelven buenas personas) y llevadas a Némesis, por lo que Sailor Moon, Sailor Venus, Tuxedo Mask y Chibi-Usa quién tiene 900 años en realidad viajan al futuro.
5. Aparece Diana por primera vez, mientras que en el anime se retrasa hasta SuperS.
6. La personalidad de Black Lady es muy opuesta a la del anime. En el manga ella trata de seducir a su futuro padre, Mamoru y matar a las sailors. Además ella llama a Luna Pelota "estúpido juguete".
7. Diamante es asesinado por Sailor Moon y Tuxedo Mask, tras su fallido intento de juntar el Cristal de Plata del pasado con el del futuro.
8. Sailor Pluto muere al usar su poder prohibido, "Detener el Tiempo", cosa que hace que Chibi-Usa recapacite y deje de ser Black Lady y se transforme en Sailor Chibi Moon por primera vez y junto a Sailor Moon destruyan al Gran Sabio.

• Sailor Moon S (Tomo 7 al 10).

1. Chibi-Usa posee un Cristal de Plata propio y se lo muestra a Hotaru durante una conversación sobre amuletos sanadores.
2. Haruka viste de Tuxedo Mask por alguna razón y besa a Usagi tanto como Sailor Uranus como en su forma cotidiana por lo que la relación de Usagi y Mamoru se enfría.
3. Sailor Pluto reaparece reencarnada como Setsuna Meiou.
4. Hotaru es mitad cyborg a raíz de los experimentos de su padre.
5. Dama 9 (Mistress 9) no le roba el Cristal de su corazón puro a Chibiusa sino que le roba su Cristal de Plata (el de Chibiusa) junto con el alma, o que la deja también en un estado cercano a la muerte.
6. Durante la batalla contra Pharaoh 90, Sailor Moon no le entrega la Copa Lunar a la Dama 9 sino que esta última fue vencida por el alma de Hotaru y, gracias a que Sailor Moon se sacrifica, Sailor Saturn despierta y se ve su ataque Death Reborn Revolution que no apareció en el anime.
7. Uranus y Neptune ya saben que sus talismanes están con ellos y saben usarlos, a diferencia del anime que no tienen idea de ello
8. Se menciona mas el Cristal de Plata, pero en el anime su papel es mucho menor, no como en como en Sailor Moon y Sailor Moon R
9. Las chicas se transforman en Super Sailor Senshi (Inners y Outers), pero en el anime se retrasa a SuperS y el de Outers se retrasa hasta Stars

• El tomo 11 es un volumen especial que contiene las historias "El Amor de la Princesa Kaguya" de la cual se basó la película Sailor Moon S y "Recuerdos de Casablanca" en homenaje a Rei.

• Sailor Moon Super (Tomo 12 al 15). Esta fue la parte que sufrió más cambios:

1. El Pegaso no se esconde en los sueños de Chibiusa, y no hay espejos de los sueños ni ningún espejo dorado, sino que el espíritu de Helios, adoptando la apariencia de Pegaso, se presenta desde el principio ante Sailor Moon y Sailor Chibi Moon personalmente para pedirles ayuda.
2. Ilusión no es el mundo de los sueños, sino una tierra sagrada que está oculta dentro de la Tierra, y que protege a todo el planeta en secreto.
3. Los enemigos no buscan a sus víctimas entre personas normales, sino que atacan directamente a las Sailors porque Neherenia no busca el Cristal Dorado, sino el Cristal de Plata de Sailor Moon. El único que sabe de la existencia del Cristal Dorado es Helios, gracias a una premonición que tuvo, en la que se revelaba que sólo el Cristal Dorado podría salvar a Ilusión.
4. El Cuarteto Amazonas son las villanas principales, ya que el Trío Amazonas son apenas subordinados de ellas y los tres mueren en su primera batalla.
5. Artemis y Diana aparecen en sus formas humanas, lo mismo que los cuervos de Rei, Phobos y Deimos, quiénes en realidad son dos jovencitas que protegen el Cristal de Marte.
6. Neherenia no es una pequeña niña que desea un amigo sino una malvada reina tia de la prinsesa, qué después de haberle lanzado una maldición a la Princesa Serenity cuando era un bebé y profetizar la destrucción del Milenio de Plata es desterrada al lado oscuro de la luna, y desea controlar la Tierra y la Luna. Eternal Sailor Moon la vence.
7. Las chicas se transforman en Eternal Sailor Senshi y por primera vez aparecen en sus trajes de princesas que usaron durante el Milenio de Plata.
8. Mamoru (Darien) es el verdadero dueño del Cristal Dorado, el cual está oculto dentro de su cuerpo y no en posesión de Helios. Helios cuenta que, en su vida pasada como Endymion el príncipe de la Tierra, Mamoru vivía en un lugar llamado el Reino Dorado, que estaba ubicado en el mundo de Ilusión (el "mundo de los sueños" en el animé) y adentro del planeta Tierra . El Reino Dorado se ocupaba de cuidar la Tierra desde el interior, mientras que el Reino de la Luna, el Milenio de Plata, lo hacía desde el exterior.
9. Helios descubre la futura forma de Chibi-Usa como princesa "Princesa Dama Serenity" la cual viste un vestido muy parecido al de la Princesa Serenity pero en rosa. Al final Elios le promete a Chibi-Usa que se volverán a ver y se va montado en un pegaso.
10. El Cuarteto Amazonas se transforman en las Sailors Asteroides, protectoras de Chibi-Usa y sucesoras de las Inners, que regresan al futuro a esperar a Chibi-Usa.
11. Los nuevos poderes de las Sailors no son dados por Helios, sino por el cristal de su planeta guardián que consiguen de diferentes maneras
12. El cristal de Plata sigue mencionándose, y adopta una forma más poderosa llamada "Cristal de la Luna Plateada"; en cambio en el anime lo pronuncian una que otra vez.
13. Aparecen como "fantasmas" los 4 generales del Negaverso, quienes están preocupados por la salud de Mamoru (Darien)